Al final lo he conseguido.
Lo primero es que decididamente me he pasado a la versión 3.
Así, para los ficheros klm no hay problema (como había dicho polifemo)
Para los primeros gpx, he conseguido leerlos con XmlHttpRequest (código creo que lo proporciona google). Esto permite leer ficheros xml, así que cuando se guarda el fichero gpx en el servidor hay que cambiarle la extensión a xml (esto ya había que hacerlo con la versión 2 y loadgpx.4.js).
Se parsea el fichero xml (antes gpx) y se añade un polyline al mapa.
Después, he cambido la función que centraba y cogía el zoom de loadgpx.4 para conseguir lo mismo en la versión 3.
Os dejo el fichero con estas funciones(he cambiado la extensión js a txt ya que el foro no me deja poner ficheros js), seguro que se pueden mejorar, pero yo de javascript no domino mucho.
De esta manera se pueden leer cualquier formato de track que siga el estándard xml, cambiando el tag al que utilice cada formato.
Salut y gracias a todos
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