La ciudad es una fundación de los duques de Zaringia del siglo XII. Sus cimientos fueron asentados en una lengua de tierra rodeada en tres de sus lados por el río Aar. Sin embargo, la primera colonización del terruño se remonta a la época prerromana. La ciudad se convirtió en un centro del comercio en la Planicie central y, por subsiguiente, fue adquiriendo cada vez más poder político y militar que utilizó para poner bajo su control varios territorios sometidos. Fue uno de los miembros más poderosos de la Antigua Confederación Helvética.
En 1798 la invasión francesa puso fin a la hegemonía bernesa, pero Berna consiguió mantener una posición privilegiada dentro de la Confederación. En 1848 fue designada capital permanente del nuevo Estado federal suizo.
En torno al nombre de la ciudad surgieron toda una serie de leyendas fundadoras. Puede ser que derive de Brenodor, el nombre de un antiguo asentamiento celta que se encontraba en el sito. Sin embargo, la leyenda más popular sostiene que el topónimo «Berna» tenga que ver con el nombre alemán para oso (Bär), supuestamente el primer animal cazado por los fundadores de la ciudad, el duque Bertoldo V de Zaringia, cuando fueron a cazar en los entornos de la ciudad. El oso se asociaba desde hace mucho tiempo con la ciudad que desde el siglo XV posee una fosa de los osos.
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