Las piedras y columnas del templo se reutilizaron para la iglesia ubicada en el noreste de la ciudadela, construida entre los siglos V-VI. Se levantó para satisfacer las necesidades espirituales de la pequeña comunidad cristiana, que hizo de la ciudadela su residencia habitual y lugar de trabajo.
En el periodo omeya, el material de la edificación romana se reutilizó para levantar un palacio y oficinas, en el mismo recinto que podría haber ocupado un segundo templo romano. Sirvió de cuartel general del gobernador principal, nombrado por los califas omeyas de Damasco.