La ciudad se halla a orillas de un brazo secundario del río Amazonas, frente a un gran blanco permanente llamado Padre Isla, boscoso y de casi veinte kilómetros de longitud. La ciudad está rodeada de un sin número de ríos y canales menores.
Es una de las ciudades más grandes del Perú y del mundo, sin acceso por carreteras, solo puedes acceder a ella vía fluvial o aérea. Por este motivo, es considerada una isla.
Iquitos, tiene un clima tropical, por tanto, no existe ni verano ni invierno. Aunque, cuando la temperatura baja un poco debido a algunos fenónenos atmosféricos, los iquiteños sacan a lucir su mejores abrigos, guardados por el resto del año.