La ciudad fue fundada el 12 de octubre de 1929 siendo la capital regional más joven de Chile, con el nombre de Baquedano, en homenaje al general chileno Manuel Baquedano, cambiando a su designación actual en 1934 para diferenciarla de la localidad de igual nombre de la Región de Antofagasta. Su establecimiento tenía como objetivo facilitar la tarea de colonización de la zona, así como servir de apoyo para el funcionamiento de la Sociedad Industrial del Aysen, la cual mantenía sus instalaciones actualmente protegidas como Monumento Histórico en la localidad desde 1906.