Hola de nuevo rsalazar: Lo primero quitarme el sombrero y reconocer tu espléndido trabajo.
Tu función createNetworklink tiene un error de concepto, te explico: Cada vez que ocurre el evento "on click" el código carga el kml "si o si", de modo que si le doy 5 veces al check tendré cinco kml cargados. Deberás comprobar antes si el kml está o no cargado (lo he buscado pero no he encontrado el modo aún). En la condición "if (kmlCheckbox.checked)" el argumento de setVisibility, parece no ejecutarse y tal vez esté ahí la clave.
Echale también un ojo a esto:
code.google.com/ ...checkboxes)
Veo que tienes una función de maximizar ventana. Pero en mi navegador Google Chrome la ventana instanciada es demasiado grande. Puede que sea problema del navegador. ¿En el tuyo va bién?, ¿cual es?.
De verdad, un buen trabajo.