Hola sep2010.
¿estás instanciando todos tus markers con la misma variable "marker "?. Entiendo que si.
Puede que me equivoque, pero como estás instanciando todos los marker igual, (y asignandoles a todos el mismo infowindow) es imposible a priori mediante código discriminar aquellos markers que quieras deshechar. Tal vez la variable "this" te de una opción.
Centrandonos en tu pregunta, no existe en el API de Gmaps
code.google.com/ ...tml#Marker ningún metodo del objeto "marker" que te permita cerrarlo al estilo .close del infowindow. Lo que si puedes es establecer las propiedades .visible y .clickable a false.
Un saludo.