No me puedo creer que los creadores del software cartográfico se compliquen así la vida.
Veamos tus coordenadas:
[
4139.8214,N,
00103.6683,W] - Aquí tendrás siempre los grados
[4139.8214,
N,00103.6683,
W] - estos valores te indican hemisferio norte (N), Sur (S), Este (E) u Oeste (W). Cuando tengas coordenadas en el hemisferio Sur u Oeste, deberás darles valores negativos.
[41
39.8214,N,001
03.6683,W]
Aparentemente esto son minutos sexagesimales y su fracción de minuto. Si lo divides entre sesenta y lo sumas a los grados sacas un valor muy aproximado a los tuyos.
Falta saber por que no es exacto, puede que sea un asunto de redondeo en los cálculos, falta de precisión de los datos (que falten decimales), que estén mal tomados o que se nos escape algo y lo estemos calculando mal.
Un saludo.