El 2 de junio de 1160, Guerau Alamany de Cervelló y Guillem de Montagut ofrecen a la comunidad monacal las tierras de Santes Creus situadas en la margen izquierda del río Gaià. Dado que la zona reunía condiciones adecuadas al espíritu cisterciense, el asentamiento adquiere carácter definitivo.
Fue en el siglo XIII cuando, bajo el patrocinio de Pedro III el grande rey de Aragón que expresó su deseo de ser enterrado en el monasterio, se construyó el panteón real, en el cual a su vez fue sepultado su hijo el rey Jaime II. El almirante Roger de Lauria fue enterrado a los pies del sepulcro de Pedro III. Parte de la nobleza siguió esta costumbre medieval y escogió este lugar para su descanso eterno, hasta la decisión de Pedro IV el Ceremonioso en 1340 de instalar el panteón de la monarquía en el monasterio de Poblet.
La guerra de la Independencia (1808–1814) y el Trienio Liberal (1820- 1823) acentuaron el empobrecimiento del cenobio. Las desamortizaciones del siglo XIX afectaron a la comunidad y, en 1835, los monjes abandonaron definitivamente el monasterio. Con la ley de desamortización promovida por Mendizábal se decretó la venta de las propiedades y bienes eclesiásticos. Algunas tumbas fueron profanadas.
En el año 1921 el conjunto monástico fue declarado monumento nacional. En 1947 se creó el Archivo Bibliográfico de Santes Creus, para promover el estudio y la defensa de la historia del monumento. Incluido en los monumentos patrimonio de la Generalitat, está gestionado por el Museo de Historia de Cataluña.
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