Aigues Mortes es el primer puerto mediterráneo cronológica e históricamente hablando en la construcción de la nación francesa.
En 791 , Carlomagno erigió la torre Matafère en medio de pantanos, para la seguridad de los pescadores y los salineros en una zona que fue la antigua colonia griega, y posteriormente romana, de Aquae Mortuae, debido a las aguas muertas de las numerosas marismas y pequeñas lagunas que rodeaban el entorno de las salinas. Era una torre vigía, o de alerta, en comunicación con la torre Magna de Nimes en previsión de las frecuentes incursiones sarracenas. El dominio de las tierras, e incluso de la torre, le fue concedida a un rico monasterio de Benedictinos de la diócesis de Nimes denominado Abadía Psalmodi.
En 1240 , Louis IX de Francia, posteriormente San Luís, accedió al control de una porción de la costa mediterránea, entre el Rosellón y la Provenza, comprendida aproximadamente entre los actuales Port Leucate y la desembocadura del canal de Recul, en el Rhone Vif, al este del cabo de l’Espiguette.
El rey interesado en poseer un puerto de su exclusivo dominio en el Mediterráneo con vistas a la organización de futuras cruzadas, negoció con la abadía Psalmodi la propiedad total por la corona de esas tierras, trámite el intercambio por otras y la donación de determinados privilegios. A partir de entonces comenzaron las obras para el establecimiento de su base naval.
Construyó un camino entre las marismas, la torre Constance sobre lo que quedaba de la torre Matafère, y a su alrededor, sobre los estanques de la Villa y de la Marette levantó dos puertos interiores que servirían como puntos de recarga para soldados, animales y provisiones, y para albergar unos setecientos barcos, que comunicó con el mar a través del llamado Canal-Viel, ya desaparecido, por en medio de los estanques de la Marette y Repausset, desembocando en Grau Louis, donde se constituyó la rada externa.
Con las infraestructuras ya preparadas, el papa Inocencio IV convocó lo que sería la séptimacruzada cuyo mando se entregó a Luis IX. Luis partió de París el 12 de agosto de 1248 y el 25 del mismo mes zarpó desde la rada externa del puerto de Aigues-Mortes.
Esta cruzada, que puso en el mapa la ciudad, acabó en 1254 con el retorno del rey. A su vuelta, la expedición no desembarcó en Aigues Mortes sino a Hyéres (cerca de Tolón), a causa de una fuerte tempestad.
Luís IX, que estaba ya muy enfermo, hizo una segunda tentativa en 1270, y a pesar de la oposición de su familia, organizó la 8ª cruzada hacia Túnez, cuya partida se hizo igualmente desde el puerto de Aigues Mortes el 1 de julio de 1270.
Buena parte del ejército fue atacado por la fiebre tifoidea, al igual que el propio Luis IX, que murió sin haber conseguido su objetivo, el 25 de agosto de 1270. En otoño la expedición fue evacuada a Europa.
En 1272, el hijo y sucesor de de Louis IX, Felipe III de Francia, llamado el Atrevido, ordena la continuación de la construcción de murallas para rodear por completo la pequeña ciudad. El trabajo se completará solo 30 años después gracias a Felipe IV de Francia, llamado el Hermoso, en que también se construyó la torre Carbonnière, que ubicada en medio de las marismas, era el paso obligatorio para acceder a Aigues-Mortes por el norte.
Tras este efímero periodo de apogeo, la ciudad dejó de crecer, ya que el puerto se cubría de arena y una vez incorporada la Provenza a Francia en 1481, Marsella sustituyó a Aigues-Mortes, que perdió su interés estratégico.