El mismo puerto posee tres terminales de pasajeros: en la terminal D se ubican los ferris y transbordadores a Estocolmo; en la A y la B podremos embarcar o desembarcar respectivamente en las líneas regulares Eckerö, Viking y St. Peterline.
El casco viejo de Tallin, apenas regula ya la actividad de carga y descarga de contenedores, ya que esta labor suele ser realizada sobre todo en los puertos de Muuga y Paldiski Sur.