...error de cien de metros puede ser perfectamente tolerable.
El error lo puedes hayar tu mismo, como has dicho (y es una buena idea) cogiendo un lago de gran tamaño y comprobando la diferencia de altura entre varios puntos... un gran lago puede ser el lago Victoria en Africa, o mi favorito, el Turkana, pero la altura de un lago es dificil de determinar, porque depende de la estacion en la que se mida.
Otro metodo es medir la altura de montañas conocidas (el Teide en España, puede ser un buen ejemplo)...
Yo he medido 3670 metros con Google Earth, pero sabemos que mide entre 3715 y 3718.
En el lago Turkana (al norte he medido entre 368 y 361 metros en el centro (que no es mucho error teneindo en cuenta que habia recorrido mas de 100 km) pero al sur me he encontrado con errores muy superiores (hay que tener en cuenta que tambien hay islas en el lago)...
Mi conclusión es que esos errores vienen de que la base de datos de alturas no esta muy bien superpuesta con la de fotos.