Shantou era un pueblo de pescadores que formaba parte de Tuojiang Du, condado de Jieyang durante la dinastía Song . Llegó a ser conocido como Xialing durante la dinastía Yuan. En 1563, Shantou se convirtió en parte del condado de Chenghai en la prefectura de Chao. Ya en 1574, Shantou había sido llamado Shashanping. En el siglo XVII, aquí se hizo una plataforma de cañones llamada Shashantou Cannon, y el nombre del lugar se acortó más tarde a "Shantou". Localmente se le ha llamado Kialat.
Shantou, una ciudad importante en la historia china del siglo XIX como uno de los puertos creados en virtud de tratados para el comercio y el contacto occidentales, fue una de las zonas económicas especiales originales de China establecidas en la década de 1980, pero no floreció de la manera en que ciudades como Shenzhen, Xiamen y Zhuhai lo hicieron.