Tres de los muelles en el puerto exterior son operados por empresas privadas, en general, bajo leyes especiales acuerdo con el Estado. Son los muelles de Alcoa, BP y CBH. El embarcadero granel Kwinana y de la terminal a granel Kwinana son operados por Fremantle Puertos.
El puerto es una mezcla de instalaciones y servicios gestionados por Fremantle puertos y operadores privados. Puertos Fremantle proporciona y mantiene los canales de navegación, ayudas a la navegación, muelles de carga en las zonas comunes de los usuarios y terminales arrendadas, la infraestructura de la terminal de pasajeros.