Cuando en 1475 la ciudad de Alcaraz se revela contra el Marqués de Villena, poniéndose de parte de los Reyes Católicos, los habitantes de El Bonillo se alzaron también en armas y solicitaron la ayuda de los alcaraceños. Estos enviaron sus tropas que, engrosadas con las de El Bonillo, se pusieron en marcha para liberar al pueblo de Munera del dominio del Marqués.
El término municipal de El Bonillo, en época medieval, tenía infinidad de núcleos poblacionales (como demuestran las iglesias y ermitas que hay o había) distando poco entre sí (ermita de Pinilla, ermita de Sotuélamos, iglesia gótica en Cerro Bueno -la actual iglesia de Santa Catalina, ermita de la Magdalena, Santa Ana, convento de Agustinos, ermita de San Roque), aunque los más importantes eran la aldea de Sotuélamos, San Miguel de Susaña y Santa Catalina (cerca de las Salinas de Pinilla). Estas, a caballo entre los siglos XII y XIII, se unieron en Cerro Bueno formando lo que hoy es El Bonillo, en el sitio donde se encontraba una pequeña iglesia de estilo gótico.