Aunque el nombre de la ciudad es bastante nuevo, su pasado histórico se remonta tan lejos como 3000 años. Los arqueólogos han desenterrado los restos de los asentamientos griegos bactriano, el sitio del antiguo asentamiento del periodo Kushan, sitio de la antigua aldea de Shishi Khon y otros asentamientos medievales.
Dushanbe, la capital de la república, se encuentra en Hissar Valle en el sur de Tayikistán. Antes de la revolución el sitio de la actual capital de Tayikistán fue ocupado por tres pequeñas kishlaks: Sary Assija, Shahmansur y Dushanbe (Dushanbe significa "Lunes" en Tayikistán, el mercado-día en el kishlak).