He vuelto a jugar con la calculadora y sus parámetros, he metido de nuevo esos 25 puntos y he conseguido que ahora esa distancia en la perpendicular de cada punto con la lÃnea recta original oscile ahora entre 5m y 12m. El caso es que TODOS esos 25 puntos están fuera de lÃnea con ese margen de error (Igual que antes aunque acercándome a mi objetivo)
Los parámetros de la calculadora con los que he estado "jugando" para convertir los formatos son estos:
Datos de Origen (Entrada)
Sist. Ref. : ED50 (Antiguo)
Sist. Coord. : UTM 31N (Easting, Northing)
Alturas: Sin Alturas
Geoide: Sin Geoide
Datos de Destino (Salida)
Sist. Ref.: ETRS89 (Actual)
Sist. Coord. : Geográficas (longitud,latitud) - G.G
Alturas: Sin Alturas
Geoide: Sin Geoide