Fue posteriormente bendecida, celebrándose allí misa por primera vez el 13 de octubre de 1921. Dinamitada en la madrugada del 6 de marzo de 1922, fue restaurada y reinaugurada el 13 de enero de 1923.
La Capilla de las apariciones fue donde Nuestra Señora habló a los pastorcitos. De las seis apariciones de la Virgen María, cinco sucedieron en este lugar mayo, junio, julio, septiembre y octubre donde, por indicación de la Señora, se construiría una capilla en su honor. Levantada entre el 28 de abril y el 15 de junio de 1919.
En 1917, Lúcia de Jesus, Francisco Marto y Jacinta Marto (conocidos como "los tres pastorcitos"), afirmaron haber presenciado varias apariciones de la Virgen María. En una de esas apariciones les habría dicho que construyeran una capilla en aquel lugar, que actualmente es la parte central del Santuario donde está guardada una imagen de Nossa Senhora. Con el paso del tiempo el Santuario se extendió, hasta hoy en día, en que existen ya dos basílicas, aumentado así la capacidad del acogimiento de los peregrinos en el recinto abierto.
El Santuario de Fátima está compuesto principalmente por la Capilla de las Apariciones, Recinto de Oración, Basílica de Nuestra Señora del Rosario, Casa de Retiro de Nuestra Señora del Carmen y Rectorado, Casa de Retiro de Nuestra Señora de los Dolores y Albergue para enfermos, Plaza Pío XII, Centro Pastoral Pablo VI y la nueva Iglesia de la Santísima Trinidad.
La Azinheira Grande era la encina más grande de la Cova da Iria en 1917 y, por eso, también es parte de la historia de las apariciones. Junto a ella, esperaban los pastorcitos a que apareciera la Virgen María.