En la región Norte, el acoso continuo de los grupos belicosos de Aridoamérica obligó a los Purépechas a retroceder hasta quedar replegados en las inmediaciones del río Lerma, al Sur de Guanajuato. Sin embargo, la región de Jalpan quedó convertida en tributaria del imperio Mexica y del emperador Moctezuma Ilhuicamina.
A principios del siglo XVI, grupos provenientes del Norte, principalmente Chichimecas Pames, Jonaces y Ximpeces, irrumpieron masivamente en la Sierra Gorda. Su actividad económica estaba basada en la recolección, la caza y la pesca pero también en los productos obtenidos por medio de la guerra. Practicaban rituales mágico-religiosos basados en la existencia de diversas deidades como el Sol, la Luna y la Tierra, y creían en la inmortalidad del espíritu.
aJlpan está enclavada en el corazón de la Sierra Gorda, región que sirvió de frontera natural entre los grupos sedentarios, agricultores y mineros de Mesoamérica, y los grupos nómadas del Norte (Aridoamérica), quienes eran cazadores y recolectores.
Jalpan se remonta hasta la época Prehispánica. Se considera que los primeros pobladores de esta región fueron de origen Olmeca y se asentaron alrededor de 1700 a 1000 años a.C. en los pequeños valles de la Sierra Gorda. Sin embargo, también transitaron por estas tierras otros grupos pertenecientes a las culturas Teotihuacana, Tolteca, Huasteca y Totonaca.