Cerca de 1480 d.C., el sultán mameluco Al-Ashraf Qaitbay fortificó el lugar como parte del sistema defensivo costero contra las invasiones turcas que amenazaban Egipto, construyendo la fortaleza y edificando una mezquita en su interior.
La ciudadela Qaitbay está situada a la entrada del puerto oriental de la isla de Pharos, en el lugar exacto donde se erigía el famoso faro de Alejandría, una de las Siete Maravillas del Mundo Antiguo.