La laguna San Rafael es un lago costero localizado en la Región de Aisén, Chile. Abarca 123 km2 de superficie, y está dentro del Parque Nacional Laguna San Rafael. Al norte, la laguna se conecta con el canal Moraleda a través de varios golfos y esteros. Al sur y al este limita con el itsmo de Ofqui y la península de Taitao. Al sur de la laguna se encuentran los Campos de Hielo Norte.
La laguna es de origen proglaciar, pues se formó por el retroceso del glaciar San Rafael, en la cabecera de los Campos de Hielo Norte. Hoy es un importante destino turístico: varios barcos zarpan a diario desde Puerto Chacabuco y Puerto Montt hacia los alrededores de la laguna para contemplar la belleza del entorno natural y ver el hielo desmembrarse del glaciar.
Con 1.742.000 has. de extensión, este parque es el más grande de Aysén, y en 1979 fue incorporado a la red mundial de reservas de la biosfera de la UNESCO por sus notables valores naturales.
Incluye la totalidad de los Campos de Hielo Norte que dan origen a innumerables ríos, lagunas y ventisqueros. En el parque se encuentra la cumbre más alta de los Andes Australes, el Monte San Valentín (4.058 msnm).
Está ubicado en la zona litoral de Aysén, ocupando parte de la península de Taitao, además de un amplio sector continental a la altura del Golfo de penas.
El acceso es posible por vía aérea y marítima. Existen vuelos desde Coyhaique, de aproximadamente una hora y media; y por vía marítima, existen embarcaciones desde Puerto Montt, Chonchi, Quellón y Puerto Chacabuco, que pueden durar entre dos y siete días.
La principal atracción de este parque nacional es el glaciar San Rafael, que nace en el cerro San Valentín y desemboca en la laguna San Rafael luego de recorrer 45 kilómetros. Gigantescos bloques de hielo se desprenden estruendosamente del glaciar, produciéndose un espectáculo de gran belleza al caer a la laguna San Rafael.