El puerto original de carácter natural, era el círculo formado por la costa, el cabo Santa María, la isla La Tuna y la isla Paloma. La Tuna está unida al cabo por una restinga. Tiene poca elevación y se halla rodeada de peñascos. La Paloma es más alta con una restinga al Sur de 150 metros de longitud que la une a la Tuna. Hacia el Norte despide otra restinga sobre la cual se hizo parte del basamento del actual puerto.
El Fuerte San Felipe del Morro es una fortificación del Siglo XVI construida en el extremo norte de la isleta de San Juan, Puerto Rico. Por muchos años, vigiló la entrada a la bahía de San Juan y protegió la ciudad de ataques marítimos. El "morro" es un término usado para referirse a una porción de tierra o peñasco que sirve para observar un lugar. Este fuerte es parte del San Juan National Historic Site y fue declarado Patrimonio Nacional por las Naciones Unidas en 1983.
Hoy en día, el Morro es una de las principales atracciones turísticas de Puerto Rico, con exhibiciones de artículos de la época de la colonización usados por españoles, indígenas, y africanos.