Os comento, tengo KML's a los que llamo a través de maps.google.es/maps. Estos KML's tienen puntos y polígonos. Cuando los visualizo en maps.google.es/maps aparece todo perfectamente, incluidos los check de la derecha para poder marcar y desmarcar lo que interese.
Ahora bien, si llamo al KML a través de una web mía, también aparecen los puntos y capas, pero no la parte donde seleccionar la información a mostrar.