No. Da igual el orden en que las pongas. Incluso puede darse el hecho siguiente: tienes dos carpetas con varios puntos en cada una. Pues no se ven todos los de una encima de los de otra. Se mezclan.
La única cosa es que si pinchas en un punto en el que hay varios superpuestos. Se despliegan y elijes uno. Ése se queda por encima.
Pero veo más patrones.
Algo tiene que ver la fecha de creación de un punto, los últimos parecen permanecer encima. Pero no estoy seguro ya que no se puede saber la fecha ni modificarla.
Pero algo debe haber porque el orden se mantiene cada vez que abres el Google earth o un kml.