De paso al archipiélago también llegó a Guam en 1565 la expedición de Miguel de Legazpi: pisó la mayor de las islas de los Ladrones, como se denominaron en principio las Marianas, antes de seguir camino al Este y fundar Cebú y Manila. Y en 1668 arribaron los primeros misioneros jesuitas españoles, como Luis Diego de San Vitores.
Agaña, la capital de Guam, recibe el estatuto de ciudad en 1686 y se convierte en la primera urbe occidental de Oceanía. Carlos Madrid, historiador especializado en la presencia española en Filipinas y Oceanía, recuerda la crudeza de la guerra de conquista y el daño a la población por los males que traían consigo los occidentales. “Hubo mucha despoblación por las enfermedades que portaban los conquistadores”, apunta. La viruela y la gripe se cobraron miles de víctimas. La población local, más de 50.000 personas, quedó en 3.000.