Este imponente fuerte Veneciano ocupa una isla que controla una bahía del Golfo de Mirabello en Creta. Esta isla, no siempre fue una isla, sino que estuvo unida por una lengua de tierra, pero fue eliminada para evitar un posible ataque terrestre.
Eran tiempos de guerra entre venecianos, apoyados por otros reinos cristianos y turcos que trataban de controlar Grecia y el mar Egeo.
En esos momentos Creta estaba bajo control Veneciano y en 1578 se el encarga a Genese Bressani, que construya un anillo de fortificaciones alrededor de Creta, que puedan detener un posible ataque Turco. Parte de ese proyecto fue esta gran obra de fortificación.
El castillo, además de bien fortificado, estaba dotado con poderosas piezas de artillería. A lo largo de su historia, nunca se consiguió tomar por la fuerza el castillo de Spinalonga.
El ataque se produce. Los turcos consiguen rendir todos los fuertes de la isla y en 1669 los venecianos controlan ya solo 3 castillos en Creta: Gramvousa, Souda y Spinalonga.
Durante esa epoca el castillo sirve de refugio a los cristianos que se enfrentan a los turcos. Los Venecianos pueden aprovisionarse por mar y ademas tienen el apoyo de la población local.
En 1715, después de 45 años de asedio, los turcos llegaron a un acuerdo con los venecianos y ocuparon la isla. Durante la guerra de liberación contra el Imperio Otomano, el castillo sirve de lugar de refugio a las familias musulmanas expulsadas de la zona.
En 1903 es abandonado por los turcos y se convierte en leprosería, una de las mas importantes de Europa, periodo que durara hasta 1957. A partir de esta fecha queda deshabitado y queda como monumento visitable en barco desde Plaka (el pueblo de enfrente del Castillo), Elounda o Agios Nikolaos.
Castillo de Spinalonga