Ya en el siglo XVI, la bahía de Santoña comenzó a florecer en la industria naval, sobre todo cuando se potenció el astillero de Falgote en Colindres. Los galeones, una vez botados, se terminaban, arbolaban, y aprestaban, en Santoña, donde también llegó a haber una fábrica de anclas que aprovisionaba a todos los barcos de la Marina Real Española. Por ello, la bahía empezó a consolidarse como lugar estratégico.
El siglo XVII marcó el auge constructivo y estratégico de la bahía de Santoña, y en consecuencia la necesidad seria de su defensa. Sobre todo por los acontecimientos ocurridos en el lugar con ocasión de la Guerra de los Treinta Años y las sucesivas tensiones con Francia.
El siglo XVIII fue incrementando la necesidad de defensa a causa de la Guerra de Sucesión y posteriormente por el enfrentamiento con la Francia republicana.
Pero fueron los franceses, en el siglo XIX, quienes llevaron a la práctica en el transcurso de la Guerra de la Independencia, y la implicación personal del propio Napoleón, la idea de crear una verdadera plaza fuerte en Santoña. Su configuración física la hacía casi inexpugnable, y su facilidad para acoger embarcaciones de todos los portes permitía recibir recursos continuos y acoger escuadras que aseguraran el control del Cantábrico oriental.
Su importancia militar se mantuvo hasta finales del siglo XIX con las Guerras Carlistas, cayendo después en la obsolescencia.
Hoy las viejas infraestructuras militares se cuidan y ponen en valor a efectos turísticos, lo que favorece el mantenimiento de esos testimonios vivos de la historia.
En el kmz se localizan tanto aquellos lugares actuales como aquellos donde se aposentaban los ya desaparecidos pero mencionados en la historia de la villa como en “Un Presidio Ynconquistable”.